Gdy wchodzę w narzędzia, test prędkości łącza to wartość jest inna niż gdy z wiersza poleceń pingnę elten.net.eu. Czy to znaczy, że ten test to niekoniecznie ping a może to inne serwery są?

Rzeczywiście, nazwa może być dość myląca.
Test prędkości łącza nie jest pingiem, przynajmniej nie dokładnie pingiem.
Test prędkości łącza odświeża sesję, innymi słowy 10 razy wysyła do serwera sygnał podtrzymania sesji - 10, by móc wyciągnąć wartość średnią.
Wtedy serwer wykonuje zapis w bazie danych czas ostatniej aktywności. Takie polecenie Elten wysyła do serwera automatycznie, dzięki niemu wiadomo, kto jest online. Celem testu prędkości łącza jest jednak nie tyle wysłanie informacji, że jest się online, a raczej zmierzenie czasu wykonania tego polecenia.
A więc w czasie tym mieści się wszystko, co ma wpływ na szybkość działania Eltena - połączenie z serwerem, przekazanie polecenia, zapis w bazie danych i odpowiedź.

No to wychodzi na to, że różnica między pingiem a tym czymś to jakieś 10ms. Przy najmniej u mnie.

Trzeba wziąć pod uwagę, że każdy ping ma kilka ms różnicy.

sprawdzałem kilkukrotnie.

Jak dla mnie to powinno być gdzieś pochowane w jakimś debug mode ala about:config w firefoxie, jak wszystkie porozrzucane po eltenie opcje deweloperskie nic większości osób nie móiące.